ユダヤ教、キリスト教、日本におけるキリスト教文化をテーマに、聖書の写本、ユダヤ教祭具、イコン、魔鏡、踏絵、観音マリア像などを展示しています。
博物館の建物は、1921年に西南学院の本館としてウィリアム・メレル・ヴォーリズが設計したもので、「福岡県指定有形文化財」（建造物）に指定されています。